Upplands flygflottilj togs i bruk 1943 och utgjorde hemmabas för flera olika flygplanstyper under årens lopp. År 2003 lades flottiljen ner efter ett riksdagsbeslut. År 2020 föreslog Sveriges regering att återetablera flottiljen vilken formellt invigdes igen den 14 oktober 2021.
Utöver driften av flygplatsen genom 5:e basenheten så ansvarar förbandet även för den ständiga bevakningen av Sveriges luftrum genom 161:a Stridslednings- och luftbevakningsbataljonen. Bataljonen ansvarar även för flygstridsledning och leder Försvarsmaktens stridsflygplan i luften.
Upplands flygflottilj utbildar varje år värnpliktiga soldater till bland annat säkerhetssoldater, räddningssoldater, luftbevakare och blivande officersaspiranter.
Den 22-24 april genomför Flygvapnets uppvisningspiloter ett träningsläger vid Upplands flygflottilj i Uppsala. Detta medför ökat flygbuller vid Uppsala garnison jämfört med normalbilden.
Uppvisningsflygningarna genomförs från och med eftermiddagen tisdagen den 22 april till och med förmiddagen torsdagen den 24 april.