Myndighetens högsta chef är överbefälhavaren, med generaldirektören som ställföreträdande. Överbefälhavaren och generaldirektören ingår i försvarsmaktsledningen som samordnar Försvarsmaktens verksamhet.

Den 1 januari 2023 trädde Högkvarterets nya ledningsorganisation i kraft. Den innebär i stort att arbetsuppgifter och ansvar flyttar från Högkvarteret till försvarsstaberna.

​​Försvarsmaktens centrala ledning organiseras för att bättre kunna hantera både tillväxt, kommande medlemskap i Nato och ett aktivt försvar, vilket kräver en enklare och robustare ledning och styrning.

Organisatoriskt innebär det att produktionsledningen och ledningsstaben slås samman och bildar försvarsstaben. Samtidigt som försvarsstaben införs byter insatsledningen namn till operationsledningen, och ska fokusera på att leda operationer och insatser.

Strävan har varit att sammanföra funktioner som legat på olika avdelningar för att se till att ansvar för beredning och beslut finns på en och samma plats. Det förenklar stabsarbetet och skapar kortare och snabbare beslutscykler. Ett annat syfte med omorganiseringen av den centrala ledningen är också att snabbt kunna växla mellan olika beredskapsnivåer.

Vid årsskiftet fick Hemvärnets ledning en tydligare och starkare organisation. Rikshemvärnsstaben (RHS) organiseras inom Högkvarteret, i försvarsstaben, eftersom politiken ännu inte fattat beslut om att göra RHS till en egen organisationsenhet vid årsskiftet. Målsättningen är att rikshemvärnet ska bli en egen organisationsenhet och utvecklingen av verksamheten pågår i oförändrad takt.

Den nya ledningsorganisationen införs stegvis och innebär ett omfattande förändringsarbete.