Enligt europeiska rådets gemensamma åtgärd 851, som är baserad på olika FN-resolutioner, har Operation Atalanta mandat att:
- Skydda Fartyg från World Food Programme (WFP), Afrikanska unionens uppdrag i Somalia (Amisom) och andra utsatta fartyg.
- Avskräcka från och avbryta sjöröveri och väpnade rån till sjöss.
- Övervaka fiske utanför Somalias kust.
- Stödja andra EU-uppdrag och internationell organisationer som arbetar för att stärka sjöfartsskydd och förmågor i regionen.