1992 genomförde armén en statskupp och tog makten, men rebellerna fortsatte sina attacker. 1995 försökte FN och Organisation of African Unity medla, men utan framgång. 1996 kunde ett avtal slutas mellan rebeller men en ny statskupp 1997, då armén gick tillsammans med rebellerna, förhindrade framgång.
Säkerhetsrådet godkände en plan 1997 där ECOMOG:s trupper och FN:s militära observatörer skulle övervaka bland annat ett vapenembargo. Avtalet kunde inte genomföras varför ECOMOG trupper i februari 1998 anföll rebellregeringen som flydde och den folkvalde presidenten kunde återta sitt ämbete.
I juni 1998 upprättades United Nations Observer Mission in Sierra Leone - UNOMSIL - för att med militära observatörer övervaka den militära situationen och säkerhetssituationen i landet och så långt förhållanden medgav att övervaka avväpning och demobilisering av tidigare stridande. De obeväpnade observatörerna arbetade under skydd av ECOMOG:s trupp. Missionens civila delar arbetade med att utveckla polisverksamheten och övervaka mänskliga rättigheter.
Strider mellan ECOMOG:s förband och regeringstrupperna fortsatte och efter många förhandlingar kom man överens om ett avtal och tillika en större mission – UNAMSIL. Säkerhetsrådet godkände inledningsvis 6 000 militär personal med mandat att skydda viktiga flygfält i syfte att möjliggöra humanitär insats.
I maj 2000 var UNAMSIL nära kollaps när rebeller tog hundratals av UNAMSIL:s militära personal som gisslan. Genom det internationella samfundets press på rebellerna återvände de till förhandlingsbordet. Säkerhetsrådet godkände att UNAMSIL fick truppförstärkning och den slutliga nivån stannade på 17 500 militär personal i förening med utökade uppgifter inkluderande avväpning av rebeller och stöd till allmänna val samt att säkerställa fritt flöde av befolkning och gods längs vissa vägar.
Operationen stöddes inledningsvis av en självständig brittisk styrka bestående av cirka 1 200 soldater som senare framgångsrikt genomförde omstrukturering och utbildning av regeringsarmén. Annat internationellt stöd genomförde motsvarande uppgift av den lokala polisen.
Tidigt 2002 hade UNAMSIL avväpnat 75 000 rebeller inkluderande barnsoldater och regeringen kunde officiellt förklara att kriget var över. UNAMSIL stödde nationella och lokala valprocesser. UNAMSIL avvecklades i december 2005 efter att framgångsrikt ha löst sin uppgift och avlöstes av UNIOSIL – United Nations Integrated Office for Sierra Leone.