1994 undertecknade parterna ett fredsavtal som bland annat begärde en fredsbevarande operation att följa upp avtalets genomförande. UNOMOZ uppgift var att övervaka och stödja eldupphör, att demobilisera väpnade styrkor samt att organisera nationella val.
En partsammansatt kommission med medlemmar från olika FN medlemsstater och OAU (The organization of African Unity, sedan 2001 ersatt av African Union, AU) övervakade processen. UNOMOZ startade ett humanitärt program för att hjälpa de nära fyra miljoner människor som tvingats fly stridsområden under kriget.
FN:s flyktingkommissariat (UNHCR) medverkade till att mer än en och en halv miljon flyktingar kunde återvända till Moçambique. Demobilisering genomfördes av mer än 76 000 soldater. Efter valet installerades en ny regering och UNOMOZ avvecklades.