Under första halvåret 2000 återvände mer än 167000 flyktingar från Indonesien. FN medverkade till att skapa ett nytt rättssystem, en ny poliskår och en ny armé.
2001 genomfördes åter allmänna val och en folkförsamling valdes med uppgift att skapa en ny konstitution och en övergångsregering bildades. UNTAET upphörde i samband med att den nyvalde presidenten tillträdde.
Östtimor (Timor-Leste) blev FN:s 191 medlemsnation den 22 september 2002. Därmed kunde FN:s ansträngningar skifta fokus mot att stödja den nya administrationen.