Först 1962 kom Indonesien och Holland överens om att området skulle gå över till Indonesien varvid FN skulle administrera området från oktober 1962 då Holland lämnade, fram till maj 1963 då Indonesien tog över.
I samband med detta skulle en eldupphör-överenskommelse övervakas av FN. Utan Säkerhetsrådets hörande tog Generalsekreteraren beslut att sända militära observatörer till området.
Personalen togs från kontingenterna i Kongo och Gaza. Dessa observatörer övervakade att parterna följde eldupphöravtalet och därmed fanns förutsättningar för att Generalförsamlingen skulle rösta för etablerandet av en fredsfrämjande mission.
Under detta första exempel på att FN utövade det totala exekutiva ansvaret i ett område bemannade personal från FN alla de högre administrativa befattningarna i området. För att upprätthålla lag och ordning placerades såväl UNSF som all lokal polis och trupp under chefen UNTEA.
Den 1 maj 1963 övertog Indonesien kontroll över området och missionen hade fullföljt sitt mandat.