Insatsen kallades inledningsvis UNPROFOR Macedonia Command och bestod bland annat av en nordisk och en amerikansk truppstyrka. När UNPROFOR i mars 1995 ombildades till UNPF omorganiserades Macedonia Command till en egen fristående operation med samma uppgift som tidigare.
Före årsskiftet 1998/1999 hade Sverige tagit på sig ett utökat ansvar för att bemanna skyttebataljonen. Genom sitt veto i Säkerhetsrådet framtvingade Kina att UNPREDEP hastigt stängdes i februari 1999. Orsaken till detta veto var att Makedonien öppnat diplomatiska förbindelser med Taiwan. Efter viss väntan på diplomatiska ansträngningar för att hitta eventuella nya mandat för styrkan så evakuerades missionen slutgiltigt under mars och april 1999, parallellt med att konflikten i Kosovo inleddes.
Två år efter UNPREDEP:s stängning uppstod stridshandlingar mellan olika etniska grupperingar i nordvästra Makedonien. NATO genomförde en serie operationer (Task Force Fox) i området för att förhindra fortsatta strider samt för att bidra till att eliminera grundorsakerna till oron. 2003 övertog Europeiska Unionen operationen och etablerade därmed sin första fredsbevarande operation någonsin (Concordia).