Sjötransportenheten är organiserad inom Första ubåtsflottiljen och lokaliserad till Karlskrona.
Utbildning och övning sker på olika platser i Sverige men även utomlands. Enheten tränas och övas ständigt under realistiska förhållanden.
Som del i specialförbandssystemet ska Sjötransportenheten kunna verka och lösa sina uppgifter i riskmiljöer som är både fysiskt och psykiskt men även politiskt högre än vad som normalt accepteras för reguljära förband. För att motsvara specialförbandssystemets krav på operationssäkerhet och tillgänglighet står STE i hög beredskap, har högkvalitativ och uppgiftsanpassad utrustning samt särskilt uttagen personal.
Sjötransportenheten ska kunna ingå i en nationellt eller internationellt behovssammansatt stridsgrupp, en så kallad Special Operation Task Group (SOTG) för att där bidra med marin taktisk transportförmåga.
Sjötransportenheten rekryterar återkommande ny personal till båtoperatör. Rekryteringen sker genom en så kallad särskild uttagning och är en noggrann och omfattande urvalsprocess för att kvalitetssäkra rätt individ till enheten. Efter godkänd uttagning följer en ca 18 månaders grundkurs. Efter godkänd grundkurs placeras individen som båtoperatör vid Sjötransportenheten.
Vid Sjötransportenheten finns också andra befattningar inom ledning och olika stödfunktioner. Även denna personal rekryteras genom uttagningstester men med andra kravprofiler än för båtoperatör.
För att Sjötransportenheten ska kunna lösa sina uppgifter är personalen med dess engagemang och utveckling den viktigaste tillgången. Egenskaper som hög motivation, flexibilitet, god fysisk och psykisk status, samt viljan att ta ansvar utöver det normala är förutsättningar för att enheten ska nå ställda förväntningar.