132. Säkerhetskompani sjös huvudsakliga syfte är att upptäcka och motverka säkerhetshotande verksamhet, främst mot säkerhetshoten främmande underrättelseverksamhet och sabotage. Det som skiljer 132. Säkerhetskompani sjö från övriga delar av 13. Säkerhetsbataljon är förmågan att uppträda i marin miljö.
Vidare har kompaniet resurser och förmågor som möjliggör inhämtning på stora ytor under lång tid. Inhämtningen görs bland annat genom fast och rörlig spaning, personbaserad inhämtning och med hjälp av tekniska sensorer. Efter att informationen inhämtats analyseras den av kompaniets egen underrättelsefunktion.
Kompaniet löser vanligtvis uppgift i mindre grupper. Grupperna har olika förmågor och kompetenser, med befattningar som exempelvis militärpoliser, hundförare, sökutbildad personal och prickskyttar.
Då förbandet verkar i en komplex miljö mot en komplex uppgift ställs höga fysiska och psykiska krav på soldater och officerare.