Krigsförbandet är en aktiv del i amfibiesystemet och marinen som helhet. Kompaniets huvudsakliga uppgifter är strid på och under ytan, sjötrafikkontroll och hamnsäkerhet. Med unika förmågor som inomskärs ubåtsjakt med bevakningsbåtar, minstrid med kontrollerbara minor samt bordning utgör de en viktig funktion inom marinen. Förbandet ska kunna fungera ihop med både amfibieförband och sjöstridsflottiljer och befinner sig därför i gränslandet inom marinen.
Kompaniets huvuduppgifter är att:
- Strida mot överskeppnings- och landstigningsföretag
- Övervaka och bevaka havs- (och luftområde) samt avvisa kränkningar
- Skydda marint basområde eller hamn
- Strida mot en motståndare som är utrustad med snabba mindre motorbåtar, ubåtar, miniubåtar, undervattentransportörer eller dykare
I kompaniet ingår följande enheter:
Stabstropp
Stabstroppen är främst en betjäningsenhet för kompaniledningen och dess stab. Troppen bemannar kompaniets ledningsfartyg HMS Skaftö.
Närskyddstropp
Närskyddstroppen är kompaniets huvudsakliga markstridsresurs för exempelvis strid och bevakning. Närskyddstroppen ska också kunna stödja övriga plutoner och troppar i deras huvudtjänst. Troppens soldater är tidvis tjänstgörande.
Bevakningsbåtpluton
Kompaniets fem bevakningsbåtar finns på kompaniets största pluton. Bevakningsbåtarnas uppgifter består av ubåtsjakt, bevakning av ett område på och under ytan och sjötrafikkontroll.
Sensorpluton
Sensorplutonen är kompaniets slagkraftigaste enhet. Plutonen genomför främst underrättelseinhämtning med undervattensensorer, inomskärs ubåtsjakt samt strid mot yt- och undervattensmål med kontrollerbara minor.
Bordningstropp
Troppens främsta uppgift är att fysiskt kontrollera fartygsstatus. Troppen löser även andra uppgifter såsom sök av infrastruktur, spaning och undsättning i maritim miljö. Bordningstroppen har flera gånger utgjort en viktig resurs till marinens insatser utanför Somalia.
Trosstropp
Trosstroppen är kompaniets underhållsenhet och försörjer kompaniet med bland annat förnödenheter, reparationer och sjukvård.