Femte amfibiebataljonen har god eldkraft, lång uthållighet och stor rörlighet genom bland annat robotsystem, minor och granatkastare, väl fungerande underhållsfunktioner, snabbgående stridsbåtar och lätta trossbåtar. Förbandet uppträder snabbt och dolt i mindre enheter och känns igen genom handlingskraft och flexibelt agerande.
Amfibiesoldater utbildas för att lösa uppgifter på, över och under vattenytan men även på marken och i luften. Amfibiebataljonen verkar i både nationell som internationell kontext med ständig beredskap för att aktiveras för olika typer av uppgifter med kontinuerligt tjänstgörande personal. Amfibiesoldater präglas av skärgårdens unika miljö, vilket ställer höga krav på självständighet, uthållighet och initiativförmåga.
Förbandet är indelat i ett ledningskompani, sjömålsbekämpande amfibiekompani, kustjägarkompani, amfibieskyttekompani och ett underhållskompani. Bataljonen är sjörörlig men har även förmåga att förflytta sig på land.
Femte amfibiebataljonen är en av två amfibiebataljoner i Sverige och utvecklas mot Amfibiebataljon 2030, genom tillförsel av ny materiel och nya förmågor. Marinens två amfibiebataljoner övar ofta tillsammans för att kunna stödja varandra och verka tillsammans i olika miljöer. Femte amfibiebataljon samövar återkommande med UK Royal Marines och andra nationer.