Regeringen föreskriver i 3 c § förordning (2007:1266) med instruktion till Försvarsmakten att myndigheten ska bedriva militär luftfart. Det yttersta ändamålet med den militära luftfarten är att tillförsäkra att Sverige har effektiva flygstridskrafter som bidrar till att lösa Försvarsmaktens huvuduppgift, att kunna genomföra väpnad strid. Detta innebär att den militära luftfarten inte kan regleras på samma sätt som civil luftfart eller annan luftfart för statsändamål. Försvarsmakten ges därför i 14 kap. 2 § luftfartsförordningen (2010:770) föreskriftsrätt för militär luftfart.
Föreskrifter för militär luftfart meddelas genom regler för militär luftfart (RML). Reglerna utarbetas av militära flyginspektionen och beslutas av överbefälhavaren. Regler för militär luftfart ska följas av samtliga verksamhetsutövare inom det militära luftfartssystemet och utformas så att de även omfattar sådan verksamhet som enskild bedriver. Regler för militär luftfart gäller således även utanför Försvarsmakten och även utanför Sveriges gränser.
Den militära flyginspektionen utövar tillsyn över att bestämmelserna i luftfartslagen (2010:500) och de i lagen angivna föreskrifterna följs i fråga om militär luftfart. Tillsyn över militär luftfart omfattar inträdeskontroll, funktionstillsyn, avvecklingskontroll samt analys och hantering av förändringar av det militära luftfartssystemet. Tillsynen utövas med oberoende och självständighet och flygsäkerhetsinspektören är i tillsynsrollen inte underställd överbefälhavaren.
För att bedriva verksamhet inom det militära luftfartssystemet krävs tillstånd, detta gäller verksamhetsutövare såväl inom som utanför Försvarsmakten. Militära flyginspektionen bereder flygsäkerhetsinspektörens beslut om utfärdande, begränsning och återkallande av verksamhetstillstånd.
I militära flyginspektionen ingår flygsäkerhetsinspektörens flygmedicinske rådgivare som ska utöva tillsyn över de flygmedicinska undersökningar som genomförs inom det militära luftfartssystemet samt utarbeta de föreskrifter som behövs för den militära flygmedicinska verksamheten.