Basbefälsskolan ansvarar för att utbilda personal verksamma inom Flygvapnets flygbasförband, det vill säga personalen som ser till att flygplan och helikoptrar kan verka från våra flygbaser på ett säkert sätt. Bland annat genomför Basbefälsskolan chefs- och stabsutbildning inom flygbasförbandssystemet, olika flygbasspecifika utbildningar, implementering av taktikutveckling, simulatorstöd för flygbasförbandens behov och utbildning inom ramen för European Air Group (EAG).
Basbefälsskolan genomför och ansvarar för utbildningen av flygvapnets R3-officerare och flygledare. Man ansvarar även för personaluppföljning av samtliga personalkategorier inom flygbasförbandsystemet och för hundtjänsten inom Luftstridsskolan.
Utöver ovanstående ingår flygvapnets frivilligavdelning som sköter flygvapnets samlade stöd till de frivilliga försvarsorganisationerna i Basbefälsskolan.