Kompaniet verkar normalt i och kring örlogsbasen i Karlskrona men även vid andra, mer tillfälliga platser, längs Sveriges kust eller i utländska hamnar. Uppgiften består i att se till att området är bevakat och säkert. Uppdragen löses ofta av för uppgiften sammansatta enheter, men grunden utgörs av basskyddsgruppen. Gruppen kan förflytta sig med fordon, båt eller till fots och är utrustad med handeldvapen, understödsvapen och minor.
Vid kompaniet finns även en stabstropp, vilken ansvarar för att samband och stabstjänst fungerar, men som även hanterar logistikbeställningar.