Verksamheten vid Ekipagekompaniet syftar till att, inom ramen för marin bastjänst, stödja övriga marina förband med ekipagetjänst under övning och insats.
Kompaniet är utgångsgrupperat med en pluton i Haninge och en pluton i Karlskrona och har dessutom personal i Göteborg. Förbandet omfattas av såväl officerare som gruppbefäl och sjömän samt civila.
Kompaniet upprätthåller även funktionen som hamnkapten i Försvarsmaktens örlogshamnar, Karlskrona, Berga/Muskö och Göteborg/Skredsvik.