Ekipagekompaniet består av två sjötransportplutoner med utgångsgruppering i Karlskrona och Berga. Plutonerna löser en mängd uppgifter inom ramen för stöd till marinens fartyg och enheter.
Verksamheten vid Sjötransportplutonen syftar till att ge service till marina förband vad avser ekipagetjänst:
Sedan 2013 har plutonen i Karlskrona som uppgift att bistå Helikopterflottiljen vid övning av vinschning av ytbärgare mellan helikopter och båt.
Flertalet av skroven i plutonen har inte någon fast besättning. Tjänstgöring i plutonen innebär alltså hanterande av ett flertal olika båttyper med olika framdrivningssystem såsom vattenjet och propeller, ofta under en och samma dag.