Som militär representant företräder Jonas Haggren Sverige i Natos militärkommitté (MC) och EU:s militärkommitté (EUMC). Han stödjer även Sveriges Natoambassadör och den permanenta representationen (Permrep) avseende militära råd i Nordatlantiska rådet (NAC). Som Milrep jobbar han över stora delar av världen, oftast tillsammans med de 31 andra militära representanterna, även om kontoret är på Natos högkvarter (NHQ) i Bryssel.
Jonas Haggren påbörjade sin officerskarriär på ubåt 1987. Han har tjänstgjort som fartygschef på ubåt, varit stabschef och flottiljchef på 1:a ubåtsflottiljen i Karlskrona. Han har också tjänstgjort på Försvarsdepartementet, innehaft flera chefsbefattningar på Högkvarteret samt varit styrkechef för European Union Naval Force (EUNAVFOR) Somalia.
Viceamiral Jonas Haggren rapporterar direkt till ÖB. Det innebär att han ingår i Försvarsmaktens ledning.