I fredstid övervakar flottiljens fartyg svenskt sjöterritorium och övar på sin krigsuppgift, att försvara Sveriges territorium och svenska intressen. Flottiljen hämtar också in underrättelser, röjer minor och skyddar havsområden, sjövägar och sjöfart.
Förbandet består av olika divisioner med fartyg. 31:a korvettdivisionen kan genomföra väpnad strid till sjöss mot mål på, över och under vattenytan. Korvetter av Visbyklass är allsidiga fartyg som kan användas nära land vid kustremsor men även i skärgårdar och på öppet hav. Visbykorvetterna är smyganpassade för att vara svåra att upptäcka. Patrullfartyg typ Stockholm är särskilt anpassade för att övervaka svenskt sjöterritorium.
33:e minröjningsdivisionen kan söka efter och röja minor under vattnet eller bärga oexploderad ammunition i hamnområden, kustnära farvatten och på öppet hav. Minröjningsfartyg av Kosterklass och röjdykarfartyget HMS Sturkö ingår i divisionen. Flera gånger varje år röjer man minor som hittas från de båda världskrigen och som kan utgöra en fara.
Till flottiljen hör också en flottiljledning, som leder och planerar flottiljens arbete. Denna är också ett krigsförband och kan sätta upp eller delta i en ledningsstab.
En av sjöförbandens styrkor är att snabbt kunna växla mellan övning och skarp insats. Denna snabba växling är något som sker flera gånger per år, av olika anledningar. Fartygen har som en naturlig del av verksamheten ständigt personal och system i drift vid gång till sjöss. Vid övning såväl som insats.
Foto: HMS Malmö/Försvarsmakten