Både vid övning och insats regleras genomförandet i orderverk. I dessa orderverk regleras miljöverksamheten i ett miljöannex som i detalj beskriver deltagande förband och enheters ansvar, markägarhantering, restriktioner, hantering av tillbud och skador, drivmedel och kemikaliehantering, avfallshantering och återställning av markskador. Detta arbete utgår ytterst från lagar och förordningar och verkställs genom interna order, regelverk och rutiner.
För att ha en möjlighet att anpassa och planera sin övnings- och insatsverksamhet i tid och rum vid marina eller kustnära övningar har Försvarsmakten tagit fram en marinbiologisk kalender som täcker svenskt territorium. Genom denna kan myndigheten minska risken för störning eller skador på känsliga naturvärden.
Vid internationella insatser har FN, Nato och EU policyer och riktlinjer för hur miljöhänsyn ska tas inom ramen för militära uppdrag. Försvarsmakten har varit drivande i arbetet med att ta fram dessa, bland annat i de så kallade Stanags (standardiseringsdokument). Värdlandets miljölagstiftning är styrande för Försvarsmaktens verksamhet vid insatsen, men där miljölagstiftning saknas eller den svenska miljölagstiftningen är strängare följs denna. Därefter följer Försvarsmakten den styrning som ges från den organisation som leder och ansvarar för insatsen, exempelvis Nato eller EU. Utöver detta följer Försvarsmakten sina egna uppsatta relevanta styrdokument.