Tidigare har Jan Thörnqvist bland annat varit styrkechef (force commander) för Eunavfor Operation Atalanta och chef för Fjärde Sjöstridsflottiljen. Förutom utbildningar vid Försvarshögskolan, Militärhögskolan och Sjökrigsskolan har han studerat vid U.S. Naval Command College (NCC) i Newport, USA.
Jan Thörnqvist kommer att befordras till konteramiral vid tillträdet till den nya befattningen.