Den jourhavande officerens huvudsakliga uppgift är att tillse att en hög säkerhet upprätthålls på de svenska ubåtar som befinner sig i hamn. Med avancerade larmsystem har man ständig kontroll på ubåtarnas status, dessutom genomförs daglig och nattlig rondverksamhet ombord.
Förutom ubåtarnas säkerhet ansvarar även jourhavande officer i samverkan med Vakthavande stabsofficer (VSO) för beredskapshöjningar vid förbandet. Vid en nationell beredskapshöjning är det dennes skyldighet att kalla in all personal till fartygen och underlätta klargöringen av ubåtarna. En beredskapshöjning görs om ett militärt hot eller liknande föreligger mot Sverige men det kan även vara en allvarlig olycka eller naturkatastrof.