Vid Flygskolan utbildas framtida stridspiloter, helikopterpiloter och transportpiloter.
Utbildningen av piloter sker i olika steg och börjar med grundläggande flygutbildning (GFU) alternativt grundläggande helikopterutbildning (GHU) och följs av grundläggande taktisk flygutbildning (GTU).
- Grundläggande flygutbildning (GFU) genomförs på Flygskolan i Linköping där eleverna flyger skolflygplanet SK 60, vilket kommer ersättas av SK 40. Efter det följer en mer avancerad flygutbildning i Italien. Läs mer om utbildningen till stridspilot här.
- Den grundläggande helikopterutbildningen (GHU) genomförs vid den tyska arméflygskolan i Bückeburg utanför Hannover. Läs mer om utbildningen till helikopterpilot här.
- Transportpiloteleverna får förstegsutbildning på Flygskolan i Linköping samt på Trafikflyghögskolan TFHS i Ljungbyhed innan de utbildas av US Navy i USA under 18 månader av sin utbildning. Läs mer om utbildningen till transportpilot här.
Beroende på vilken inriktning eleven har så är den grundläggande taktiska flygutbildningen olika lång.
Flygskolan utbildar även flyglärare inom Försvarsmakten.